テーマを自作する場合、デフォルトのテーマを解析すると参考になります。
以下のサイトでは、解析の結果を報告してくれていますので、まずは一読してみてください。ヒントになるはずです。
http://ja.blog.wordpress.com/2010/04/27/new-theme-twenty-ten/
http://www.slideshare.net/hokori3/twenty-ten2
テーマを自作する場合、デフォルトのテーマを解析すると参考になります。
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http://www.slideshare.net/hokori3/twenty-ten2